- Zyrën Ligjore dhe Marrëdhënieve me Publikun,
- Zyrën e Informimimit,
- Zyrën e Politikës,
- Zyrën e Statistikave Bujqësore,
- Zyrën për Integrime Evropiane dhe Bashkëpunim
Ndërkombëtar,
- Njësia e Revizionit të Brendshëm dhe
- Certifikuesi.
1. Instituti Bujqësor i Kosovës në Pejë
2. Departamenti i Shërbimeve të Administratës Qendrore,
3. - II - i Zhvillimit Rural dhe Shërbimeve
Këshillimore,
4. - II - i Prodhimtarisë dhe Mbrojtjes së Bimëve,
5. - II - i Prodhimtarisë Blegtorale,
6. - II - i Pylltarisë,
7. - II - i Prokurimit.